A Nintendo foi criada por Fusajiro Yamauchi em 1889 e fabricava cartões artesanais de um tipo de baralho tradicionalmente japonês chamado Hanafuda. Em 1950, Hiroshi Yamauchi, bisneto de Fusajiro, fez uma parceria com a Disney para produzir cartas estampadas com seus personagens
Já na década de 1960, Hiroshi Yamauchi tentou obter sucesso em outras áreas: fundou uma rede de TV, uma companhia alimentícia - que tentou vender arroz instantâneo, no estilo do macarrão instantâneo - e até mesmo motéis. Mas Hiroshi não conseguiu obter o sucesso desejado, com isso as empresas faliram e, ainda por cima, após as Olimpíadas de Tóquio a venda de baralhos diminuiu, quase levando a Nintendo à falência.
Em meados da década de 1970 a empresa começa a perder mercado para fabricantes de jogos eletrônicos como Bandai e Atari e entra definitivamente neste ramo com a fabricação de pequenos aparelhos eletrônicos equipados com uma tela de cristal liquido, chamados Game & Watch. O então criador Gunpei Yokoi daria início à era digital da empresa que prosseguiria ao longo das décadas de 1970 e 1980, com a fabricação de fliperamas. Mas os fliperamas da Nintendo não emplacavam nos Estados Unidos.
Então, Shigeru Miyamoto, um designer trabalhando desde 1977 na empresa, fora chamado para criar um jogo que pudesse usar os gabinetes do mal-sucedidos Radar Scope. Miyamoto, que não entendia nada de tecnologia, criou um game sobre um marceneiro chamado Jumpman que salvava sua namorada de um gorila. Donkey Kong, lançado em 1981, foi um sucesso, e revelou dois personagens: o Donkey Kong , e Mario , que se tornaria mascote da empresa.
Após outros arcades bem sucedidos, como Donkey Kong Jr., e Mario Bros., a empresa resolveu investir num console. O Famicom (Family Computer) foi lançado no Japão em 1983, e em 1985 foi lançado nos Estados Unidos com o nome NES (Nintendo Entertainment System). O NES é apontado por "salvar" a indústria de videojogos que tinha entrado em crash no ano de 1983, vendendo cerca de 60 milhões de consoles. Com as grandes vendas deste console e dos jogos Super Mario Bros., Metroid, The Legend of Zelda e Kid Icarus a Nintendo consagra-se definitivamente como líder mundial e torna-se símbolo de toda uma geração. Nessa época, muitas pessoas nem mesmo usavam o termo "console", preferindo referir-se a esse tipo de aparelho simplesmente como "Nintendo".
Em 1989, a Nintendo lançou seu primeiro portátil, o Game Boy que deu inicio a famosa franquia Pokémon com a chegada da Game Freak, e viu um primeiro grande concorrente surgir: a Sega, com seu Mega Drive. Com a Nintendo lançando o Super NES em 1991, as duas empresas lutaram ao longo dos anos 1990 pelo domínio do mercado dos consoles. O Mega Drive reduziria os 90-95% do mercado da Nintendo a meros 35%, mas jogos como Super Mario World, Street Fighter II, The Legend of Zelda: A Link to the Past, Donkey Kong Country e a série Final Fantasy garantiriam o primeiro lugar de volta à Nintendo.
Em 1995, a Nintendo anunciou seu próximo console, o Nintendo 64, e a Sony, gigante no mundo dos aparelhos eletrônicos, lançou o PlayStation (inicialmente planejado como periférico para o SNES, para ler CD's). Como o console da Sony usava CDs, e o Nintendo 64 mantinha os cartuchos (devido aos seus tempos de loading serem muito menores), a maioria dos fabricantes abandonou a Nintendo para trabalhar com a Sony. O Nintendo 64 foi lançado em 1996 e foi superado pelo PlayStation, ficando em 3º lugar, atrás também do Sega Saturn, mas garantiu a segunda posição nos EUA.
Em 1996, foi lançado o Game Boy Pocket, versão menor do original, e os primeiros jogos de Pokémon, que garantiram vendas enormes do portátil e viraram uma enorme fonte de lucro para a empresa. Em 1998, fora lançado o Game Boy Color. Neste mesmo ano, morre Gunpei Yokoi num acidente de carro.
Em 2001, a Nintendo lançou o sucessor do N64, o Nintendo GameCube. O console sofreu uma dura concorrência da Sony com o Playstation 2, e da recém-chegada Microsoft e o seu Xbox. Também em 2001 apareceu o sucessor do Game Boy, o Game Boy Advance, que foi logo substituido pelo Game Boy Advance SP, que revolucionou o mercado por ser o primeiro com luz de fundo (backlight) própria.
Em 2004 foi apresentado um novo console portátil, o Nintendo DS, com um conceito inovador: duas telas, sendo uma delas sensível ao toque, como nos Palmtops, que recebeu 3 milhões de pré-encomendas no seu lançamento. Este também sofreu uma dura concorrência com a chegada do portátil da Sony o Play Station Portable (PSP). Em 2005 foi lançada uma versão à parte do Game Boy Advance, o Game Boy Micro.
Na E3 de 2005 a empresa anunciou a sua entrada na nova geração, lançando o seu novo console, com o codinome Revolution. Em 2006, esse Revolution mudou de nome para Wii. Para muitos gerou controvérsia, pois não fazia sentido, mas, com o passar do tempo, as pessoas descobriram que fazia todo o sentido, já que para um não-gamer, ao ouvir esse nome e saber que é um vídeo game, ele saberá¡ que este é bem simples e fácil de jogar. Ao final de 2006, foram lançados o Wii(em 19 de Novembro nos EUA e em 2 de Dezembro no Japão) e um de seus rivais, um novo membro da velha família PlayStation, o PlayStation 3, que, junto com o Xbox 360(lançado um ano antes), teria os mais avançados gráficos e som dos vídeo games, mas os tornando caros demais até mesmo para americanos - aproximadamente US$600. A Nintendo, ao contrário, não queria gráficos avançados ainda, mas sim colocar uma nova forma de jogar com o Wii-remote, que acompanha os movimentos dos jogadores e atrair novos gamers para o mercado de vídeo games e, com isso, conseguiu a liderança dos consoles.
Em 2006, a empresa lança o Nintendo DS Lite, uma versão mais fina do Nintendo DS original.
Em 2008, foi lançada outra versão do Nintendo DS, o Nintendo DSi, que vem mais fino que o Nintendo DS Lite, mas um pouco mais largo, vem também com duas câmeras equivalentes a 3 megapixels, além de sua melhor conexão.
Em 2010, foi anunciado o Nintendo 3DS, um novo portátil com o hardware superior. O novo portátil tem a capacidade de rodar jogos em 3D e sem precisar de óculos especiais para perceber o efeito 3D.
Na E3 de 2011, foi anunciado o Nintendo Wii U, um novo console, com hardware superior ao Wii, e com uma nova forma de interagir com os jogadores. O destaque em si, não é nem o próprio console que por questão, rodará jogos em alta definição (1080i e 1080p) e tem um poder de hardware maior que o dos atuais consoles. O destaque de verdade é o controle, que conta com uma tela de 6 polegadas, com touchscreen, giroscópio e acelerômetro.